Kočner okrem zmenkovej kauzy čelí aj obvineniu v prípade vraždy novinára Jána Kuciaka. Práve investigatívny novinár mal pred svojou smrťou na muške samotného podnikateľa a upozorňoval na jeho daňové kauzy.
Ich búrlivý vzťah vygradoval telefonátom, v ktorom Kočner Kuciakovi sľúbil, že na neho a jeho rodinu bude hľadať špinu. A tento telefonát Kočner v minulosti preberal so svojím známym Bödörom.
Podľa poznámky policajta mal Kočner vehementný záujem získať audionahrávku rozhovoru. Ten nakoniec zverejnil portál Aktuality, pre ktorý Ján Kuciak pracoval.
Po vražde sa zase Kočner snažil dostať prostredníctvom Bödöra k detailným informáciám o vyšetrovaní a postupe v prípade.
Súčasťou uniknutej komunikácie je okrem iného aj rozhovor s jeho exkamarátom Petrom Tóthom, ktorému preposlal pred vraždou Kuciakovu presnú adresu. Práve Tóth mál stáť na čele skupiny, ktorá na Kočnerov príkaz sledovala novinárov.